Der Kirchenverwaltungsrat ist für die Führung und Verwaltung der Kirche Alttoggenburg zuständig. In sein Pflichtenheft fallen insbesondere die Verwaltung der Gebäude und Liegenschaften, die personellen und finanziellen Angelegenheiten sowie die Öffentlichkeitsarbeit.

Der Kirchenverwaltungsrat bereitet zudem die jährlichen Geschäfte wie den Jahresbericht, das Budget und den Steuerplan zuhanden der Bürgerschaft vor und vollzieht diese.

Überdies unterstützt der Kirchenverwaltungsrat das Seelsorgeteam in der Erfüllung ihrer täglichen Aufgaben. Zudem arbeitet er mit dem Pfarreirat und anderen Pfarreiorganisationen zusammen.